尼尔斯·玻尔研究所是哥本哈根大学尼尔斯·玻尔天文学、物理学暨地球物理学研究所的一部分。

研究所于1921年成立。著名丹麦理论物理学家尼尔斯·玻尔自1914年就在该院校任职。为庆祝玻尔的八十岁生日（1965年10月7日），哥本哈根大学理论物理学研究正式成为尼尔斯·玻尔研究所。

在1910、20及30年代，该研究所是原子物理学及量子物理学这两个发展中学科研究的中心。欧洲各地的物理学家（有时甚至更外面的）不时都会来研究所来跟玻尔商谈新理论及发现。量子力学的哥本哈根诠释就是该时期在这研究所完成的研究。