日本明治时期将领。山口县人。1885年任步兵第二联队联队长，1889年晋升为陆军大佐。甲午中日战争爆发后被任命为后备步兵第八联队联队长，编入临时第七师团进攻旅顺，入城后屠杀4天。甲午战争后调往台湾，1897年晋升为少将，任台湾守备混成第一旅团旅团长，奉台湾总督命令“围剿”台湾义军。12月8日遭到义军突然袭击，该旅“丧亡过半”，内藤之厚随部溃逃。1898年9月2日义军再次袭击内藤旅团，在此次战斗中，被击毙。