内蒙古农业大学档案馆成立于2001年10月， 它的前身由内蒙古农牧学院档案科与内蒙古林学院档案科合并组成。 档案馆属副处级建制，由主管教学的副校长分管。档案馆址暂设在学校行政楼一楼，使用面积154平方米，其中有100平方米为档案库房（近期将迁新址）。库房内安装手动式密集架，配备了空调、灭火器、报警器等。为了满足工作需要，学校还为档案馆配备了计算机、打印机等。

内蒙古农业大学档案馆即是学校的档案行政管理机构， 同时也是集中统一永久保存和提供利用学校档案的科学文化事业机构， 担负着全校的档案行政管理工作和学校各种门类档案的业务管理工作。 档案馆的基本职能是在全校范围内宣传、贯彻、执行国家有关档案工作的法令、法规，制定学校档案工作的规章制度，监督、指导和检查档案工作制度的执行情况，监督指导学校各部门做好各类档案的收集、整理、立卷和归档工作，对接收进馆的档案进行系统的整理、保管、鉴定和统计，保守档案的秘密，确保档案的安全，最大限度地延长档案的寿命，编辑档案参考资料和检索工具，开展档案信息的开发与利用工作，开展档案学术研究和经验交流，努力提高档案人员的业务素质和档案工作水平。

内蒙古农业大学档案工作实行部门立卷制度，学校各处级单位设专兼职档案人员 47 名， 负责本单位形成档案的收集、积累、立卷和归档工作。 全校已形成了以档案为中心，专兼职档案人员相结合的档案管理网络。

档案馆面向学校和社会，主要服务包括查借阅档案、开具证明、成绩办理。目前档案馆正朝着信息化、网络化的方向发展，随着档案工作逐步现代化，档案馆将更加注重编研和信息开发工作，以富有特色的馆藏，以更积极的姿态为学校教学、科研、管理提供服务，努力将档案馆建设成为学校各类档案资料保管、开发、利用的中心；成为学校历史、高等教育发展史研究的基地；成为爱国主义，爱校意识教育的基地；成为信息服务中心之一；成为学校对外宣传的窗口之一。