囊鳃鳗科为辐鳍鱼纲囊鳃鳗目的其中一科。

分类

囊鳃鳗科下仅有囊鳃鳗属（囊咽鱼属）(Saccopharynx)一属：

囊鳃鳗(Saccopharynx ampullaceus)：又称囊咽鱼。

哈氏囊鳃鳗(Saccopharynx harrisoni)

约氏囊鳃鳗(Saccopharynx hjorti)

拉文囊鳃鳗(Saccopharynx lavenbergi)

少椎囊鳃鳗(Saccopharynx paucovertebratis)

枝囊鳃鳗(Saccopharynx ramosus)

施氏囊鳃鳗(Saccopharynx schmidti)

海囊鳃鳗(Saccopharynx thalassa)

三叶囊鳃鳗(Saccopharynx trilobatus)