囊鳃鳗科为辐鳍鱼纲囊鳃鳗目的其中一科。
囊鳃鳗科下仅有囊鳃鳗属（囊咽鱼属）(Saccopharynx)一属：
囊鳃鳗(Saccopharynx ampullaceus)：又称囊咽鱼。
哈氏囊鳃鳗(Saccopharynx harrisoni)
约氏囊鳃鳗(Saccopharynx hjorti)
拉文囊鳃鳗(Saccopharynx lavenbergi)
少椎囊鳃鳗(Saccopharynx paucovertebratis)
枝囊鳃鳗(Saccopharynx ramosus)
施氏囊鳃鳗(Saccopharynx schmidti)
海囊鳃鳗(Saccopharynx thalassa)
三叶囊鳃鳗(Saccopharynx trilobatus)