南马店村位于山东省寿光市西南部马店乡，地处东经118°41′，北纬36°53′，向东偏东南距明、清县衙（今寿光市人民武装部）18华里处。东邻高家庄、庞家庄，南邻布政庄、刘桥村，北邻北马店村、化龙镇贾家庄、南王庄，西南邻安乐屯，西与化龙镇城南村、青州市周家庄土地相接。

交通极其便利，北距省潍（坊）高（青）公路、济（阳）寿（光）公路一华里，沿公路向东18华里至寿光城区，80华里至济（南）青（岛）高速公路潍坊西路口，100华里至潍坊城区和潍坊火车站，125华里至潍坊机场；向西30华里至东（营）青（州）高速公路阳河路口，52华里至东营市广饶城区。东距西二环路8华里、西环路14华里，沿公路向北100华里至羊口港，向南35华里至济青高速公路口埠路口，65华里至青州城区和青州火车站，向东南50华里至济青高速公路纪台路口。