南京艺术学院音乐学研究所成立于2002年6月。正式在编人员有居其宏教授、伍国栋教授、刘承华教授三人，居其宏任所长。科研秘书杨云、张强。

本所研究人员以中国传统音乐理论、中国当代音乐研究、音乐美学 本所研究人员以中国传统音乐理论、中国当代音乐研究、音乐美学及音乐批评为主要研究方向，建所以来先后出版了《民族音乐视野中的传统音乐》、《中国音乐的人文阐释》、《古琴艺术论》、《新中国音乐史》、《当代音乐的批评话语》、《歌剧美学论纲》、《超越与重构》等学术著作，并在全国报刊上发表学术论文及评论数十篇。

本所与南京师大音乐学院承担着“江苏省音乐学重点学科建设基地”的共建任务，并配合南京艺术学院科研处，对全院音乐学专业的科研工作及研究课题行使管理职能。

本所研究人员已经结题的科研项目有：《２０世纪中国少数民族音乐研究目录文献汇编及研究》（国家艺术科学九五规划重点课题）、《中国歌剧的历史与现状》（国家艺术科学九五规划国家级课题）等。

本所研究人员目前承担的研究课题有：《江南丝竹研究》（国家艺术科学十五规划国家级课题）、《改革开放与新时期音乐思潮》（江苏省教育厅重点课题）、《我国当代音乐学研究》（江苏省重点课题）等。