南京信息工程大学应用水文气象研究院成立于2009年10月17日， 这是全国第一个应用水文气象研究院。 应用水文气象研究院下设水文气象研究所、工程水文气象应用研究所、气候变化战略对策研究所等，旨在研究解决我国国民经济生产建设中与水文气象自然灾害有关的重大课题；组建一支世界水准的科研梯队，为在中国创建水文气象学科和组建水文气象专业培养人才；促进该学科领域内的国际学术交流。此前，全球仅有四个水文气象专门研究机构，分布在日本、英国、俄罗斯、乌克兰。