南京市江宁区气象局的前身是江宁县气象站，成立于1958年12月，建在江宁县东山镇县人委内， 1959年7月1日迁至原测场的东北偏东方向约1200米远的公路南侧， 1961年4月22日迁至离该测场东南偏南方向约500米远的植物园内，同年7月迁至离该测场300米的山坡上,方向为该测场的西北方。1990年10月成立江宁县气象局，由镇江气象局代管。1993年5月，交由新成立的南京市气象局管理。2001年3月江宁区成立后，更名为南京市江宁区气象局。内设办公室、法规科、气象台三个科室，江宁区防雷中心（南京市江宁区防雷装置检测站）、南京江宁气象科技信息中心、南京风云防雷工程有限公司三个直属单位。