南京工程学院基础部于2000年由原“南京机械高等专科学校”、“南京电力高等专科学校”以及“核工业部南京工业学校”三校基础部合并组建而成。在学校党委的领导下，在基础部全体教职员工的共同努力下，学科不断发展、师资队伍不断壮大、科研能力不断增强、教学水平不断提高，逐渐形成一个教学良好、管理规范、质量优良的学院重点建设系部之一。目前，基础课教学、基础实验已经构成南京工程学院不断提高教学质量的重要环节，更是南京工程学院不可缺少的重要组成部分。

基础部现有在编教职员工68人，其中专任教师58人，专职教学管理人员5人。教师中正高级职称2人，所占比例为3.4%；副高级职称24人，所占比例为41.4%；中级职称20人，所占比例为34.5%；初级职称12人，所占比例为20.7%；其中博士生3人，所占比例为5.3%；其中硕士生12人，所占比例为20.6%；本科生42人，所占比例为72.4%；其他1人, 所占比例为1.7%。