南京财经大学财税研究所新成立于2003年。该所的基本宗旨为坚持中性的研究立场，研究中国市场化和现代化过程中财政和税收制度建设的现实问题。研究的基本方法为制度比较方法和实证研究方法, 通过比较发达国家和发展中国家财政﹑税收制度建设的经验，探索构建我国财政﹑税收体制的路径。

主要研究领域为以下几方面：外国财税制度，重点为德国财税制度，美国财税制度， 印度财税制度和俄罗斯财税制度。政府间财政关系安排，地方财税制度建设，国有资产经营管理体制改革。

该所基本目标追踪国际财税制度和政策方面的前沿学术研究方法，对中国财税体制建设中出现的新问题进行研究，并试图提出独到的看法。

该所成立以来，主要进行了以下几方面的新建工作。第一是建设数据资料基础。关于外国财政方面，基本完成了外国财政制度中两个重点国家德国财政制度和美国财政制度的数据资料收集工作。在此基础上，完成《德国财政制度》的再版工作。关于中国财政方面，基本完成了中国财税体制和江苏财税体制的基本数据资料的收集工作。第二是明确该所的重点研究领域。通过聘请国外和国内专家对重要财税研究主题和该所现有条件的评估，明确现阶段该所的主要研究领域。第三是开展对外学术交流。该所成立以来，已经举行专题学术报告20多场。