南方医科大学公共卫生政策研究所是2008年12月经学校批准成立。主要是综合利用我校卫生经济、卫生法学、公共卫生事业管理、医学伦理、中国特色社会主义社会建设等领域的现有资源和工作队伍，以课题和项目研究为聚合力的科研协调和组织机构。

主要研究领域包括：①公共卫生政策：我国公共卫生政策的演变与发展趋势研究；国外公共卫生政策现状及其发展动向研究；中国公共卫生政策效应分析及其创新思考；中国公共卫生政策运行机制中的障碍与对策研究。②卫生体制改革：我国医疗卫生体制改革的历史进程回顾与反思；我国医疗卫生体制改革的瓶颈问题与破解研究；我国医疗卫生管理部门的职能定位与转换问题；新医改方案出台以后的新问题新对策研究。③医疗保障体系：发达国家医疗保障体系建设的借鉴研究；发展中国家医疗保障体系建设的借鉴研究；中国特色医疗保障体系建设的现状、问题与对策。④卫生安全预警：推进中国特色社会保障体系建设的总体思路；公共卫生安全与公共卫生产品的供给；建立中国特色公共卫生安全预警机制的研究。⑤卫生事件处置：突发性公共卫生事件的特点和处置原则；突发性公共卫生事件处置的基本程序；危机管理与突发性公共卫生事件的处置；公共关系与突发性公共卫生事件的处置。⑥卫生经济分析：我国医疗卫生市场的过度竞争问题与出路；我国医疗卫生产品的市场划分的实证分析；我国分层医疗部门的经济效益的评价与分析等。