南北党争是清朝初年的南方与北方士大夫的党派之争，可以说是明末东林党争的余绪。

清廷使用大量的明末遗臣，因此清朝初年一直都还有明末党争的阴影，仍是“南北各亲其亲，各友其友”，如顺治时期冯诠与陈名夏的北党与南党之争，冯诠原是依附魏忠贤的阉党，而陈名夏是东林党之后。陈名夏作为南党的首领，“所推毂南人甚重，取忌于北”。清初大量引用明朝旧宦，明末党争的弊端在清初政局立即反映。

顺治二年（1645年）七月，浙江道御史吴达上疏弹劾阉党余孽冯铨及其党羽孙之獬等，给事中许作梅、庄宪祖等纷纷上疏支持吴达。多尔衮最初未表态，终于决定支持冯铨一派，公开申斥龚鼎孳，并将李森先革职。孙之獬也被革职，永不叙用。

顺治五年，陈名夏授吏部尚书，又与多尔衮手下谭泰多方结交。顺治八年五月，候外转御史张煊上疏论陈名夏十罪二不法，结果谭泰出面替陈名夏担保，张煊反被诬杀。三个月后，谭泰因早年阿附多尔衮被处死，陈名夏本人“厉声强辩、闪烁其辞，及诘问辞穷，乃哭诉投诚之功”。顺治帝并没有杀害陈名夏，只是革职，后发正黄旗汉军，闲散官随朝。

顺治十一年（1654年）因反对薙发令，倡言“留发复衣冠，天下即太平”为宁完我所劾，第二天三月初二中午，顺治帝亲自讯问，侍臣当众宣读宁完我的劾奏，不等侍臣读毕，名夏极力辩白。帝大怒：“即使要辩解，为何不等宣读完毕？”命陈名夏跪着与宁完我对质。三月初三刑科右给事中刘余谟、御史陈秉彝替名夏缓颊，双方争执不下。刘余谟喋喋不休，帝为之大怒，下令将其革职，审讯继续进行。陈名夏被转押吏部，至十一日吏部主张论斩。十二日，改绞死。临死前向门客柳生说：“我色竟不动也。”顺治得知其正法后，“悯恻为之堕泪”。名夏之子陈掖臣被押到燕京，杖四十，流放东北。

康熙时，党争与满洲贵族内部矛盾纠缠在一起，康熙时期的朋党主要有鳌拜党、明珠党、索额图党、皇子党等。康熙帝深知党争之害，但鉴于满汉之间的矛盾，却也不加以整顿，他与满人权贵谈话总称南方官员为“蛮子”，甚至骂道：“蛮子那有一个好人！”

康熙二十七年初，明珠被劾罢职，徐干学党掌权。康熙二十七年（1688年）洪升撰有传奇戏曲《长生殿》﹐传唱甚盛。当时正逢康熙帝的母亲佟皇后丧期。给事中黄六鸿以“国恤张乐”为大不敬之罪名，上章弹劾洪升。由于洪升与南党徐干学、高士奇等人物较为接近，北党欲借此事滥兴大狱。康熙帝知道是党争作祟，从轻发落，故示宽柔。