尽管如此，拿破仑最终还是不免失败。其原因安在？这也是一个永远争论不休的问题。曾经是拿破仑手下大将、以后又背叛他的贝纳多特（Bemadotte）说过一句公道话：“拿破仑不曾为他人所击败，但因为他只依赖自己的才智，所以上帝才会惩罚他。他把他的才智用到最大限度遂终于难以为继。任何东西最后总还是会破裂的。”

首先从军事方面来看。拿破仑的最大本钱就是他有素质和数量都远较优越的兵力。但当战争旷日持久之后，这两方面都难于继续保持优势。法国部队连年征战，损失重大，新兵的素质逐渐低落。而其敌方（普鲁士、奥匈帝国、俄罗斯）也已经实施征兵制，并厉行军事改革，所以到了后来，拿破仑也就不能赢得会战，于是其整个战略开始破产。

拿破仑一向坚持由他一人指挥，但当他的大军人数多到了6位数字时，这种办法也就开始行不通了，战场的辽阔、单位的众多，已经无法再由他一人控制。简言之，拿破仑未能建立一套适当的C3I系统（指挥、管制、通信、情报），实为其失败的主因之一。

拿破仑对他手下的大将（元帅）只要求他们服从，而不要求他们指挥，诚如他的参谋长贝尔蒂埃（Berthier）所云：“无人知道他的思想，我们的职责就是服从。”这也正是古今独裁者的通病，对于奇才异能之士往往不敢重用，而庸才却能获得信任。

拿破仑的最大弱点也许还不是在军事方面，而是他未能从大战略的层面上来考虑战争与和平的问题。他是法国革命的儿女，但他并不了解工业革命的意义。他只想推翻旧秩序，却完全忽视“权力平衡”（balance of powers）的原则，尤其是他缺乏全球性的眼光，他的战略始终是以欧陆为范围。到最后，他丧失了平衡的战略意识，也用尽了其国家资源和部队精力，遂终于难免败亡。

拿破仑在陆军或陆战方面的成就固然有目共睹，但他对于海权（sea power）却几乎毫无了解。他想用所谓“欧陆体系”（Continental system）来封锁英国使其经济崩溃，那完全是幻想，因为英国握有海权可以继续与全世界维持贸易关系。反而言之，由于他企图严格执行其封锁禁令，遂终于导致入侵俄罗斯，从而敲响了其大陆帝国的丧钟。