2000年，天文学家利用哈勃望远镜等观测发现，木星上三个白色气团合并为一个大体积的风暴系统，科学家将其命名为“卵斑BA”。2005年底，这一系统开始变成棕色，到了次年年初就显现出红色，因此就被称为“小红斑”。与“大红斑”相比，“小红斑”虽然要小一半，但规模也与地球差不多。

2006年10月，哈勃望远镜观测到“小红斑”正在不断增强，颜色变得更红，活动更为剧烈。科学家并不确定其颜色为何出现变化，但有猜测认为，这是由于风暴系统活动增强，“小红斑”可能会将木星大气系统低层的红色物质向上“抬升”，使“小红斑”持续呈现红色。

2007年5月1日，美国宇航局发布了由“新视野”号探测器在飞往冥王星的途中掠过木星时拍摄的一批高质量木星图像，其中就包括“小红斑”。这是迄今人类探测器拍下的最近距离的“小红斑”图像。科学家们说，他们将借助这些照片进一步分析木星风暴系统的形成及颜色变化等。