末端限制性片段长度多态性（Terminal-restriction fragment length polymorphism，T-RFLP）分析是一种分析生物群落的指纹技术，它的基础原理涉及末端荧光标记的PCR产物的限制性酶切。T-RFLP是一种高效可重复的技术，它可以对一个生物群体的特定基因进行定性和定量测定。16SrRNA基因片段通常作为靶序列，它可通过非变性的聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳分离,然后用激光诱导的荧光鉴定。此技术的优点是可以检测微生物群落中较少的种群。另外，系统发生分类也可以通过末端片段的大小推断出来。本技术的局限包括假末端限制性片段的形成，它可能导致对微生物多样性的过多估计。引物和限制酶的选择对于准确评估生物多样性也是很重要的。