1886年，提督衔北洋海军总查琅威理（英国人）重返中国。在服务合同中，中方要求琅威理承诺在五年内将中国海军的训练提升到国际水准，并且必须应允在战时帮助中国作战，除非作战对象是英国。对此项条件，英国外交部和海军部还有不同意见，琅威理与中方的关系也似乎没有中法战争前那么融洽。他认为在中国得不到足够的信任和授权。

1890年2月，北洋舰队南下避冻。24日，丁汝昌率“致远”等四舰至南海一带操巡，琅威理、林泰曾、刘步蟾督带“定远”、“镇远”等舰在香港维修。3月6日，“定远”管带刘步蟾忽然降下提督旗换升总兵旗，表明自己是舰上的最高长官。琅威理责问：“丁提督离职，有我副职在，为什么撤下提督旗？”刘步蟾答：“按海军惯例应当如此。”琅威理立即致电李鸿章，对自己的地位提出质问。北洋海军提督旗图形为黄灰黑蓝红五色，角上饰以锚形。而总兵旗为黑、绿、红三色。这就是著名的“撤旗事件”。

3月7日，李鸿章致电北洋海军第二号人物，左翼总兵林泰曾：“琅威理昨电请示应升何旗，《章程》内未载，似可酌制四色长方旗，与海军提督有别。”制四色旗是调和折衷之语。但李的电报，明确表明了北洋海军只有一个提督。6月25日，北洋海军返回威海，丁、琅一同赴津，与李鸿章面谈撤旗事件。李鸿章明确以刘步蟾为是，琅威理当场提出辞职，李鸿章接受了他的请求。

琅威理回国后，逢人即诉说其在华受辱。8月18日，中国驻英公使薛福成电告李鸿章，英国外交部已电驻华公使复查此事，并考虑撤退全体在华英籍人员。薛问“能否转圜？邦交有益”。20日，英国公使华而身向李鸿章询问琅威理辞职缘由。李鸿章指出“中国海军称琅为提督，乃客气用语”。22日，他又致电薛福成，指出“琅威理要请放实缺提督未允，即自辞退。向不能受此要挟。外部等或未深知，望转达。似与邦交无涉”。

11月4日，英国拒绝了李鸿章另聘英人为北洋海军顾问，以代替琅威理的请求，并召回在旅顺港服务的英国人诺加，宣布不再接纳中国海军留学生。中英之间的海军合作关系进入低潮。

就英国政府而言，派遣海军顾问，其目的是既想控制中国海军，又要抵制其他国家在华势力的扩展。英国公使威妥玛说，改组中国军队之权必须只掌握在某一个国家手中。如果我们不是这个国家，就将“极其有损于我们的利益”。1881年10月，赫德在给中国海关驻伦敦办事处主任金登干的信中提到，李鸿章可能任命美国海军提督薛斐尔担任北洋海军的总司令，法国人则在推荐戈威因和努瓦康担任这一最高职，而英国领事馆和公使馆则阻挠他控制中国海军的活动。1882年春，金登干密函英国外交部官员庞斯福德和海军上将凯古柏，要求英政府支持向中国派遣海军顾问的请求。外交部请海军部同意这个要求，海军大臣答复说：“中国如有强大海军，对我们是否有利，尚有疑问。”经过争论，海军部给了琅威理三年假期。赫德对英国政府的拖拉作风很不满意。他抱怨说：为使英国控制中国海军，他已奋斗了25年。假若他是法国人或德国人，早就取得了惊人的成绩。

中法战争后，赫德更露骨地对金登干说：“法国、德国和美国都想抓到海军领导权，但我保持海军掌握在英国人手中。海军衙门的成立是向前迈出一大步，中国需要琅威理：那么好的开端！机不可失，时不再来，务必促他来华！”他不厌其烦地强调：“现在领导权是在我们手中，但是为了我们两国的利益，特别是为了我国的利益，我们应当继续将它掌握在我们手中。”从这显现出了侵略者的野心

在赫德和金登干的活动下，英国政府对琅威理来华就聘开了绿灯。海军部1885年10月要求琅威理立即动身前往中国，琅威理对通知的“命令”口气感到不快，因为他妻子即将分娩。现在尚无证据证明琅威理本人直接参与了英国政府企图控制中国海军的计划。琅威理更像是一个固执地注重个人名誉和待遇，同时对于工作也极端负责的职业军人。但以上引文，集中表述了英国政府以及赫德等人企图通过琅威理，对中国海防军以及对中国政府产生更大影响的意图。从这个意义上说，撤旗事件的处理表明了中国官方的正确立场，在主权问题上决不退让。李鸿章努力保持舰队不受外籍雇员的控制，在必要时不惜采取断然措施，以回答要挟。这一事件也充分表明，外籍雇员同清政府仅仅是雇佣关系，他们没有获得更多权利。