《明清宫藏台湾档案汇编》是“台湾文献史料出版工程”的重要组成部分，是迄今为止最大规模的明清档案出版项目。全书230册，按编年体例影印出版，设总目2册，汇总列于书首。各册目录，另行分别列于各册。书中辑录了中国第一历史档案馆所藏明清两朝台湾问题档案总计16343件，其中明代档案主要选自兵部题行稿，共25件；其余选自军机处上谕档、军机处“台湾档”、军机处录副奏折等清代档案。其内容包括郑氏收复、康熙统一、乾隆平定、光绪设省等重大事件，还有官员任免、移民开发、海疆防务、甲午割让等诸多台地大小政事。这些档案记载了明清中央政府管辖和治理台湾的真实情况，全面反映了台湾300多年来的历史变迁和所发生的一系列重大历史事件，具有重要的学术价值和社会价值。

全书共印制100套。 其主编是国家档案局巡视员、国家清史委委员、国家清史工程档案组组长、原国家第一历史档案馆馆长、山东大学中国古代史专业兼职博士生导师、山东大学历史系77级学生邹爱莲。