梅甘娜拿加喙鲸Nenga meganasalis有别于其他喙鲸科成员在于梅甘娜拿加喙鲸Nenga meganasalis有达长矩且宽阔的鼻骨nasals并占了顶部很大的面积。梅甘娜拿加喙鲸Nenga meganasalis和其他喙鲸科不同之处在于中筛骨有骨化的吻中管mesorostral groove , 并缺乏和其他喙鲸亚科的共有衍征(synapomorphy), 前上颌弧形脊突呈前外侧导向。梅甘娜拿加喙鲸Nenga meganasalis有别于瓶鼻鲸亚科Hyperoodontinae的翼手喙鲸属Pterocetus , 科萨喙鲸属Xhosacetus及塔喙鲸属Tasmacetus , 梅甘娜拿加喙鲸Nenga meganasalis中筛骨吻中管已骨化 , 前上颌骨上突不压缩 , 狭窄的前上颌骨弧形脊突有陷入的鼻骨。梅甘娜拿加喙鲸Nenga meganasalis和 利隆喙鲸属Ninoziphius 不同在于梅甘娜拿加喙鲸Nenga meganasalis有较高的吻突基处和较短的上颌糟。