民国16年海军归附国民革命军，并协助安定闽中局势。是年12月改组海军闽厦警备司令部，分别在马尾、厦门设海军警备司令部。马尾警备司令部辖长门要塞和海军陆战队两个混成旅，郁邦彦任警备司令。不久海军警备队编入马尾海军练营，旋即以警备司令兼要港司令。民国17年4月，郁邦彦任海军马尾港司令兼宁福警备司令。翌年9月，闽局安定，宁福警备司令部撤销，马尾要港司令部遂为专任。

马尾要港司令为少将级，司令部编制官兵83名，附有特务排。所辖要塞官兵，总台部49名，长门礼台163名，电光山主台147名，划鳅炮台136名，烟台山炮台71名，金牌山炮台49名，北岸炮台64名，崖山炮台36名，鱼雷台9名，共计724名。

民国30年4月福州沦陷，要港司令李世甲奉令转移，并于5月在古田谷口设海军闽江江防司令部，李世甲任司令。马尾要港司令部及所属各单位暂予裁撤。9月，李世甲率陆战队收复马尾，江防司令部移设马尾。民国33年10月福州第二次沦陷，江防司令部撤至闽侯大目埕。民国34年4月，刘德甫任司令。5月收复福州，江防司令部移回马尾。