马尾海关是隶属于福州海关的正处级单位，于1987年6月1日经国务院、海关总署批准成立（其前身为福州海关马江办事处，仅负责船舶、船员监管业务），经过20多年的发展，马尾海关已成为福州关区最大的隶属海关，目前业务量约占福州关区的65%，下设办公室、人事政工科、监察科、技术科、财务科、通关一科、通关二科、物流监控科、查验科、稽查科、对台小额贸易监管科、驻出口加工区办事处监控科、驻黄岐监管科等13个科室，目前在编总人数153人，现任关党组书记、关长为王星。此外，1999年国家成立海关缉私警察时在马尾海关设立直属队，2001年改为马尾海关缉私分局（正处级），下设办公室、法制科、侦查科、查私科、保税区缉私科和情报科等6个科室，现有警员27名，现任分局党组书记、局长为陈农。

马尾海关主要负责监管辖区范围内进出境的运输工具、货物、行李物品和其他物品，征收关税和其他税、费，查缉走私，编制海关统计和办理其他海关业务，从业务上看，有三个明显特点：一是辖区范围广。管辖福州市马尾区、福州港其他作业区及长乐榕通码头、罗源狮歧码头、连江可门码头、长乐榕通码头、黄岐对台监管点、福州市出口加工区等30多个作业区，监管区域点多、线长、面广。二是承担业务量大。承担着福州关区65%左右的业务量和近60%的税收任务。主要负责马尾辖区进出境运输工具、货物的现场监管、“两马”直航、对台小额贸易、福州市区铁路运输、陆路运输现场实际监管以及福州港鳌峰洲作业区海运进出口货物、物品监管、办理企业注册、征收关税、查缉走私、编制统计等海关业务。三是业务门类齐全。涵盖通关、征税、查验、监控、对台小额贸易及旅检等几乎所有的海关业务，属于通关现场型的基层海关。