马杜克是古代美索不达米亚神话中开天辟地的创始神、太阳神和城邦保护神。传说，是他杀死了象征浑沌的怪物之母提亚马特，并用自己死后的遗体创造了世界。他是人类共同的祖先。在苏美尔城邦时期，能够赢得马都克神庙祭祀权的城邦就是整个苏美尔世界的霸主。

在动画片中，马杜克机关名义上是为了选拔EVA驾驶员而设立的一个咨询机构，直属于人类补完委员会。从记录上看，除了SEELE直接送来的第五适格者渚薰之外，其余的适格者都是由此机关加以甄选、审核之后，才送到NERV的。

不过，根据暗中潜入NERV内部做调查的加持所得到的情报显示，跟这个机构有关系的108家公司中，有107家都是子虚乌有的挂名公司。在遮遮掩掩的障眼法背后，掩藏着EVA驾驶员产生过程的核心机密。