六安市气象局由局机关和直属事业单位构成，其中局机关内设：办公室（计划财务科）、业务科技科（政策法规科）、人事教育科（监察审计室）；直属事业单位5个，分别为：市气象台、市气象科技服务中心、市农村综合经济信息中心、市国家基本气象站、市气象局财务核算中心。

下辖五县局：寿县气象局、霍邱县气象局、金寨县气象局、霍山县气象局、舒城县气象局。六安市气象局、六安市防雷减灾局实行上级气象主管机构与六安市人民政府双重领导，承担六安市行政区域内气象工作的政府行政管理职能，依法履行气象主管机构的各项职责。