长江重庆段四大家鱼国家级水产种质资源保护区总面积12310公顷，其中核心区面积3375公顷公顷，实验区面积8935公顷。核心区特别保护期为2月1日-6月30日。保护区位于重庆市境内南岸区广阳镇至涪陵区南沱镇的长江江段，范围在东经106°43′45″-107°31′53″，北纬29°35′05″-29°51′34″之间。其北岸是：广阳镇一人码头（106°43′31″E，29°35′21″N）-鱼嘴-洛碛-朱家-凤城-镇安-李渡-黄旗-百胜-珍溪-南沱（107°32′01″E，29°51′40″N）。其南岸是广阳镇-木洞-双河口-江南-石沱-蔺市-龙桥-涪陵-清溪-南沱。核心区由3段河段组成，巴南区木洞镇（106°56′05″E，29°34′46″N）-渝北区洛碛镇（106°56′05″E，29°42′10″N）；涪陵区镇安镇（107°08′49″E，29°42′17″N）-蔺市镇（107°12′17″E ，29°40′40″N）；涪陵区珍溪镇（107°27′30″E，29°53′04″N）-南沱镇（107°32′03″E，29°51′41″N）。实验区由3段河段构成，南岸区广阳镇（106°43′45″E，29°35′05″N）-巴南区木洞镇（106°56′05″E，29°34′46″N）；渝北区洛碛镇（106°56′05″E，29°42′10″N）-涪陵区镇安镇（107°08′49″E，29°42′17″N）；涪陵区蔺市镇（107°12′17″E，29°40′40″N）-珍溪镇（107°27′30″E，29°53′04″N）。主要保护对象为四大家鱼，其它保护物种包括达氏鲟、白鲟、胭脂鱼、铜鱼、圆口铜鱼、中华倒刺鲃、岩原鲤、南方鲇、长吻鮠、大鳍鳠、长鳍吻鮈、翘嘴鲌、大鲵、水獭等。