DNA平末端的连接适用范围广，但是存在4大缺点:连接效率低，非重组背景高，多拷贝插入和双向插入。因此可采用DNA连接子来避免这个问题。

DNA连接子是等摩尔数的两条完全互补的寡聚脱氧核苷酸，形成的平末端双链DNA含有一个或多个限制酶切点。DNA接头的作用是在DNA平末端添加新的限制酶切位点来产生黏末端，便于DNA片段之间的连接。