连接酶可以催化寡核苷酸模板上2条单链在缺口处形成磷酸二酯键。这种在缺口处需要单核苷酸互补的化学反应特性催生了连接酶介导技术。该技术已成功应用于对已知或未知点突变、小片段核酸插入或缺失、DNA甲基化、大规模单核苷酸多态性（SNP）分型，蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-DNA相互作用的检测以及分析。这些新的方法经过多重杂交和酶学反应后，仍能保持很高的检测准确性，并为整个检测反应提供了内在的质量控制校核。