喀什噶尔参赞大臣，清代官职名，乾隆二十八年正月(1763年)置，驻喀什噶尔新城（即后来的徕宁城）。

乾隆二十四年(1759年)，清政府在平定新疆南部的大小和卓叛乱以后,鉴于当时面临的复杂的周边环境,经过详细慎密的事前考察之后，在新疆实施了军政合一、以军统政的行政管理制度——军府制。

在天山南路（即回疆地区）设置的参赞大臣就是军府制体制中的重要组成部分。喀什噶尔参赞大臣（亦称总理各回城事务参赞大臣）归伊犁将军节制，管辖回部喀什噶尔(今喀什)、英吉沙尔、叶尔羌(今莎车)、和阗(今和田)、乌什、阿克苏、库车、喀喇沙尔(今焉耆)等城办事、领队大臣及其军政事务；参赞大臣官署的内部组织有印房、回务处及粮饷局，设章京、笔帖式等以办理事务；各城事务有总管参领、防御、骁骑校等分掌。其辖地北起中亚纳林河（即锡尔河上游之支流），与当时的中亚浩罕汗国为界，南达喀喇昆仑山，西至帕米尔以西就近地带，东至阿尔金山一线。境内民族以维吾尔族为主，还有柯尔克孜（当时称布鲁特）和塔吉克等民族。?

清朝对于喀什噶尔参赞大臣及其以下各级官员和职责权限规定的极为严格精细，诸如接任交代、存房书册、年例折奏、咨行案件及办事章程都一一列明。例如其《办事章程》中规定：参赞大臣到任后巡查本属卡伦十七处一次，巡阅各回城一次；协办大臣到任后盘查喀什噶尔、英吉沙尔仓库军械马牛羊厂一次；领队大臣春秋二季轮流巡查喀什噶尔、英吉沙尔所属卡伦一次，等等。甚至中亚浩罕汗国的通商使者来喀，如何接待也有繁复详尽的规定：“每名照例筵宴用羊一只，白面十八斤，白米、油茶、柴薪杂费钱五十二文；来使并仆役日给羊一只，白米半斤；其仆役日给白面一斤。自本处起程至叶尔羌，五日口食羊二只，茶米折钱。旋回时仍然前供支给，造册汇入奏销”。还有“每年九、十月间，参赞大臣阅视满汉官兵技艺，例赏羊二十四只，经牧处备办。”（以上均见《回疆通志》卷七）诸如此类，不胜枚举。

同时参照内地官制改造回疆旧有的伯克制度，任命维吾尔上层为各级伯克，管理各城、村事务。伯克和宗教阿訇不得兼任，阿訇不得干预行政司法。当时南疆的伯克中，阿奇木伯克官居三品，是南疆各城最高的行政长官，总管当地城乡一切行政事务。伊什罕伯克是阿奇木伯克的行政副手，其下按业务分设各种类型的伯克，分掌各级各地的钱粮、赋税、司法、治安、水利、田园、工商、贸易、宗教、文化等具体事务。?

光绪十年（公元1884年）11月，新疆建行省，喀什噶尔参赞大臣辖地俱改府、州、直隶厅，参赞大臣遂裁撤。