菌种驯化一般是指通过人工措施使微生物逐步适应某一条件，而定向选育微生物的方法。通过驯化可以取得具有较高耐受力及活动能力的菌株，驯化常于废水处理中微生物的选育，对某种污染物具有较高的降解能力的高效菌株。