通常病毒中的多肽分为结构多肽和非结构多肽。

装配病毒粒子，组成病毒结构成分的多肽叫做结构多肽。一般是病毒粒子的主要免疫性抗原，抗原决定簇的主要载体。

与其不同的时非结构多肽不构成病毒粒子的组成结构，一般起到催化、调节的作用。