是以吸收禾草秸秆(如稻草、麦草)等腐草中的有机质作为主要营养来源的菌类，草腐菌所需栽培主要原料为作物秸秆，以及禾木科秸秆原料，草腐菌生产的本身无需消耗林木资源。

草腐菌类主要有双孢蘑菇、高温蘑菇、棕色蘑菇、姬松茸、草菇和鸡腿蘑等。像白灵菇、草菇、双孢菇、鸡腿菇等，属于草腐菌类；杏鲍菇属于木腐菌，而非草腐菌。

草腐菌丝生长适宜的碳源为蔗糖、葡萄糖，以及经发酵腐熟的农作物秸秆、家畜禽粪，以及其他木腐菌利用后的菌渣；氮源为蛋白胨、酵母粉、麸皮、玉米粉和米糠等。

另一种是以木材为主要营养源的菌类，称为木腐菌，如香菇、木耳、平菇、灵芝和猴头菇等。其实，有些木腐菌和草腐菌之间并无明显界限，如木腐菌中的香菇、平菇等也能利用秸秆为主料栽培；而有些草腐菌也能吸收利用木屑产生的营养，如姬松茸、鸡腿菇等就属这一类。因此，木腐菌和草腐菌的概念是相对而言的。