江苏省环境保护厅苏南环境保护督查中心的主要职责为：负责对区域内环境保护工作实施监督检查；承担跨区域、流域重大环境纠纷以及重大生态破坏和环境违法案件的调查工作；承担跨区域、流域以及敏感区域的环境监测工作；承担对跨区域、流域重大突发环境事件的应急响应工作。