江南大学工业生物技术教育部重点实验室是在原轻工总会发酵工程重点实验室的基础上建立的，于2000年8月被批准为教育部第三批重点实验室。南京工业大学校长欧阳平凯院士任实验室学术委员会主任，现任实验室主任为徐岩教授。并且成立了校长负责的，科技、人事、财务、国有资产、研究生院（部）、211办（学科建设办）等部门参加的重点实验室建设管理委员会，协调解决重点实验室发展中的重大问题。

工业生物技术教育部重点实验室根据我国国民经济建设的中长期发展目标纲要，以推动工业生物技术及其相关产业的改造、更新、重组和升级为目的，重点开展工业生物技术应用基础领域的研究工作。

目前重点实验室共有固定研究人员30名，其中教授19名，副教授6名，助研1名；仪器管理和行政人员4名。固定研究人员中22人具有博士学位。重点实验室另有客座研究人员27，其中教授20名，副教授5名，讲师2名。

江南大学工业生物技术教育部重点实验室自2000年正式对外开放以来，按照主管理部门的“开放、流动、联合”机制的要求运行了九年有余。完成国家、部省下达的科研任务130余项（863、973、国家自然科学基金、国家攻关计划等），鉴定成果70余项，获国家技术发明二等奖两次，部省级科技进步奖二十余次，在国内外学术期刊发表论著1300余篇（其中SCI论文274篇），专著和教材40部，授权专利100余项，申请专利200余项，并积累了许多重点实验室建设和运行的经验。