当牙发育至根尖孔形成时，牙发育即完成，至此以前形成的牙本质称原发性牙本质。但此后牙本质仍在一生中不断形成，这种牙发育完成后形成的牙本质即继发性牙本质。
继发性牙本质有机物中胶原蛋白约占18%，为所有有机物的85%～90%。主要为Ⅰ型胶原，还有少量Ⅴ型和Ⅵ型胶原。在发育中的前期牙本质中可见Ⅲ型胶原。
继发性牙本质中非胶原大分子物质有几大类：磷蛋白、含羧基谷氨酸蛋白(Gla)、混合性酸性糖蛋白、生长因子、血清源性蛋白、脂类和蛋白多糖。其中最主要的是牙本质磷蛋白，约占所有非胶原有机成分的50%，在牙本质矿化前沿分布，与胶原纤维关系密切，可结合钙，有利于牙本质的矿化。