济南海事局是按照交通部、山东省政府《关于山东省实施水上安全监督管理体制改革协议》精神，由山东省港航监督局负责海船管理和海船船员管理的有关人员以及省属东风、东营、黄河小清河海(水)监局与山东省海上搜救中心、潍坊、滨州市的水上安全监督机构合并组建的海事机构，是山东海事局管理的副局级分支海事机构。局机关设在济南市，在潍坊、东营、滨州三市设有海事处。2007年按照海事执法模式改革的要求，对机关和海事处机构进行了重新配置和调整，机关设办公室(督察处)、党群工作部、财务处、监管一处、监管三处；根据工作需要将政务中心和总值班室列为内设工作部门，海事处设执法大队、海事管理科和办公室，形成了动静分离的执法管理模式。