校址在马来西亚吉隆坡市。前身为1906年创办的尊孔学堂。1926年增设初中，改现名。1935年再办高中，成为六年制完全中学。1936年设简易师范班。1939年全校35个班，学生1056人，教职员57人。1955年，学生达 3800 多人。1962 年，马来亚教育改制，遂分为尊孔国民型中学和尊孔独立中学。1963年，尊孔独立中学正式开办，当年有学生885人，教师28人。1964年，马来西亚当局推行小学毕业生免试直升中学制，尊孔独立中学生源受影响，1970年降至35O人。后开展华文独立中学复兴运动，1973年学生又升至800人，1975年达1000人。