基因表达数据通常利用矩阵形式表示，称为基因表达矩阵。基因表达矩阵的行代表一个基因在不同环境条件下或不同时间点的表达，列代表不同条件或样本下(如组织、实验条件、处理因素等)所有基因的表达情况，每个格子的数据表示特定的基因在特定的样本中的表达水平。