位于海淀区北部。东部与小牛房为邻，西与大牛房为邻，北与刘庄子、张庄子为邻，南与辛庄为邻。因金代皇后所占用奁妆田叫皇后田，后来田音转为店。

皇后店为金代村名。《金史·张九思传》：“检括官田……如皇后店、太子庄……之类，不问民田契验，一切籍之”。《金史·食货志》“大定十九年（1179）十二月，谓宰臣曰：‘朕闻括地事所行极不当，如皇后店、太子务之类，止以名称 ，便为官田’。”《元史》至正二十四年（1364），也速、不兰奚“迎战于皇后店”。明《永乐大典》和清康熙《昌平州志》称“黄堠店”。乾隆年间《日下旧闻考》、《光绪昌平州志》、《昌平外志》均称“皇后店”，1953年称“皇后店村”。

皇后店村形近似长方，元代至明初，它是大都（北京）通往蒙古大道的重要路站。