环境工程实验室是在原南京化工大学的环境监测实验室以及原建筑工程学院的环境微生物实验室的基础上，进行资源整合、优化而成。经过学校不断的经费投入与管理建设，实验室进一步形成了环境监测、环境微生物、环境专业实验室（包括环境科学、环境工程专业实验）三个功能相对独立、可开设环境科学、环境工程各类专业基础以及专业实验的实验室，并统一归于城市建设与安全环境学院实验中心管理。

随着环境学科的不断发展，以及学校的投入，现今的环境科学与工程实验室在实验室面积、仪器设备的档次与精度等方面有了很大的提高，实验室面积从最初的约180m2发展到目前的约600 m2，同时，购置了原子吸收光谱仪（AAS）、高效液相色谱(HPLC)、气相色谱（GC）等仪器，极大的改善了实验室的硬件条件。目前，实验室每年可平均为180名/年开设实验，环境工程专业开设19个实验项目，环境科学专业18个实验项目，各专业综合性设计性实验的开出率达到80%以上。同时，在实验开设中由长期从事本科教学的专业教师进行实验的设计与开设，并把购置的大型实验仪器如AAS等应用到实验项目中，这在很大程度上提高了实验的教学质量。

同时，实验室的建设促进了学科的建设与发展。每年，实验室可安排约100名的学生进行本科毕业论文实验，学生大胆、创新的实验项目的开设，极大地提高了学生的动手能力、激发了学生的学习热情，为他们走上工作岗位奠定了良好的基础，并提高了他们的学术水平。与此同时，实验室还为研究生培养提供了较好的实验基础条件。