合子不育（zygotic sterility）亦称为二倍体不育。是不育性的一种。这是从合子到胚的形成过程中发生异常而造成的。为配子不育的对应词。植物间的远缘杂交，例如种间杂交、属间杂交时很容易产生合子不育。合子不育的原因是由于细胞质或染色体的组合不相协调等，内容相当复杂。不仅是胚，而且胚乳之类专门供给营养的部分也往往会生长不良。最近，当因种子发育不良，用普通的方法不能育成杂种植物时，用胚培养的手段，把发育不充分的胚在退化之前就取出来，放在人工培养基上进行培育，可以得到新组合的杂种。