合川区疾病预防控制中心是根据国家卫生监督、疾病预防控制体制改革的要求，于2002年12月，在原合川市卫生防疫站的基础上组建的区属卫生事业单位，现位于南津街上什字梨园路173号，整个单位占地14.17亩，其中业务用楼5000㎡，检验楼3000㎡。现有人员编制60人，其中具有高级职称6名，主任检验师1名，副主任医师5名。中级及以上专业技术职称占47%，2006年新引进研究生1名。中心内设行政办公室、疾病控制科、公共卫生应急处置科、检验科、健康教育科、结防综合门诊部、技术管理科、财务科、后勤科等8科1室。

合川区疾控中心的主要职责和可为社会提供的技术服务范围是：制定本市传染病、地方病、食源性疾病、学生常见病、慢性非传染性疾病防治规划和措施，开展综合防治；开展传染病、地方病、职业病、慢性非传染性疾病的监测、预报、预警和干预；负责辖区内突发公共卫生事件的监测调查与信息收集、报告、落实具体控制措施；承担卫生监测、检验出证、预防性健康体检和卫生学评价等技术服务工作；承担卫生行政部门委托的与卫生监督执法相关的检验检测任务；开展计划免疫工作，做好预防接种的实施、管理、监测、评价和接种后异常反应的调查处理；对全区重大传染病疫情、食物中毒、食物污染、职业中毒、饮用水污染、放射事故等重大突发公共卫生事件查找原因，开展应急处置和提出科学的技术控制措施。开展媒介生物学检测，针对虫媒动物的致病特征制定防治措施，对消毒、杀虫、灭鼠工作进行技术指导；开展信息统计，收集、整理、分析和报告公共卫生信息、传染病疫情、慢性非传染性疾病发病死亡数据，并开展漏报调查；开展作业场所职业卫生健康体检、家装市场室内外环境有毒有害因素监测；开展健康教育，普及卫生防病科学知识；对于卫生防病工作相关的机构开展专业技术培训和业务技术指导；承办上级部门交办的其它卫生防病工作。

自2001年6月疾控中心整体搬迁后，在新一届班子开拓进取的领导下，加强了疾病控制机构的建设和突发性公共卫生事件的处理能力，最大程度地控制了传染病的发病水平，我区传染病的报告发病率由60年代的1108.25/十万降至2006年270.86/十万，下降了75.6%。未有“非典”及人禽流感病例报告，确保了合川一方净土，成功防制了霍乱、艾滋病等重大传染病。购置了一批先进的检验设备，如原子吸收仪、气相色谱、生物柜等，提高了检测水平和办事效率。2001年在重庆市北部地区率先建立了艾滋病初筛实验室，成功地对高危人群和重点人群进行了HIV监测；建立了微机网络管理系统，顺利实现了与重庆市疾控中心的联网，建成了国家疾病报告管理信息系统和国家救灾防病与突发公共卫生事件报告管理信息系统，为及时、准确掌握各种疫情动态打下了基础；实验室通过了重庆市计量论证，向社会提供了具有法律性和公证性的数据；2006年获得了合川区唯一一家职业卫生技术服务机构资质。中心还大力开展精神文明创建活动，于2001年获重庆市市级文明单位称号，在2003年的抗非典工作中，合川市疾病预防控制中心被合川市委、市府评为传染性非典型肺炎防治工作“先进集体”，中心党支部被合川市评为全市防治非典型肺炎工作“先进基层党组织”；2006年被合川区委、区府评为“先进基层党组织”，多项工作被重庆市“评为先进集体”，中心主要业务科室疾病控制科因业务技术精、服务态度优，被评为“重庆市卫生系统青年文明号”、“重庆市五四红旗团支部”、“合川市十佳青年文明号”等荣誉称号。