青海省海南藏族自治州税务机构始建于1956年2月，成立初期共有52名税务工作人员，其后机构历经变动，1994年9月机构分设组建成立海南藏族自治州国家税务局。

海南州国家税务局隶属于青海省国家税务局，正处级单位。机构、编制、经费、领导干部职务的审批上按照下管一级的原则，实行垂直领导。

州局现任领导班子成员为：党组书记、局长朱德学，党组成员、副局长陈仲，党组成员、纪检组长韩玉春，党组成员、总经济师毛茸保。

州局机关内设10个行政科室：办公室、人事科、教育科、监察室、政策法规科、纳税服务科、征收管理科、货物和劳务税科、收入核算科、财务管理科，另设机关党委办公室,级别均为正科级。2个直属机构：稽查局（副处级）、车辆购置税征收管理分局（正科级）。3个事业单位：信息中心、机关服务中心、培训中心，级别均为正科级。下辖共和县、贵德县、贵南县、同德县、兴海县及龙羊峡六个正科级国税局；全系统现有办税服务厅6个、征收分局1个、税务所2个。

全系统目前共有337名在职干部职工，其中州局机关89人、基层县局257人，干部职工平均年龄37岁。全系统在职干部职工中党员177人，占在职人数的52.5%；少数民族干部102人，占在职人数的30.27%；大专以上学历人员300人，占在职人数的89.02%。系统内离退休人员57人。

截止2009年底，全州国税系统登记管理的各类纳税人共5480户，其中各类企业394户，个体工商户5086户；纳入CTAIS系统管理的纳税人4473户，占纳税人总户数的81.62%；增值税一般纳税人101户。

2009年，全州国税系统共组织各项税收22389万元，比上年增长1.75%，增收386万元。