海门书院是廉州现存最老的书院。海门书院位西门江边海角亭旁，其前身是明朝嘉靖元年（1522年）创办的“还珠书院”，后又称“海天书院”原称。清康熙四十五年（1706年）廉州府知府施世骥建于府城外西南砥柱矶，五十九年知府徐成栋增建，置有学田。乾隆十六年（1751年）知府杨枝华把仅有院租充公，于是书院废止。十八年知府周硕勋改建，名“海门”，合浦知县廖佑龄前后拨上下乡南山等处田租作童生伙食费，拔冠头岭网地箔地租为掌教薪水银。此后，又先后经过嘉庆、道光、光绪间的多次重修、改建扩建，加建漾江轩、浮碧榭亭、凝碧轩、奎文阁、讲堂及后座，增建两廊房舍，左右各9间，头门3间。左厨房、右小房各1间，前楼讲堂，堂下左右学舍各3间。建卷棚下左、右学舍各3间，3间卷棚接奎文阁，阁左、右厨房各1间，阁下右学舍3间，下建登龙场，外为头门3间，门外环短墙。又增加田租钱谷以助书院经费，并加正附课额。海门书院建成后一直是廉州府的“重点学校”。

光绪三十年（1904年），中国科举结束，“海门书院”改为廉州中学堂，屈指算来，从还珠书院到海门书院，再到廉州中学，共历301年，后人称“廉州中学”建校百年，其实只是指“廉州中学”改名百年，其建校历史应从康熙四十六年（1706年）算起。

书院于每年春初招县内士子50人入院，设科举制度三年一科，攻读三年毕业。海门书院的主持人（相当于当今的校长）名为山长。著名的岭南学者鲍俊就担任过海门书院山长。