海北州藏医院始建于1996年11月29日，医院占地面积6914平方米，建筑面积1837平方米，医疗用房面积970平方米。当时在职人员17名（编制为25人），其中卫生技术人员11人，卫生技术人员中医生5名（按职称副主任医师１人、中级2人、初级２人。按学历大专1人、中专2人、高中2人）护理人员4名（均为初级中专），药剂人员2名（均为中专初级职称）。

建院初期科室设有门诊部、住院部（内科）、药浴科、药剂科等4个临床科室和总务科、医务科两个职能科室。设置床位30张（其中19床）治疗人次为6000人次固定资产为56万元.。

医院经过九年的发展。现在已发展成为集医疗、教学、预防保健为一体的藏医医院。2002年被青海省卫生厅评审为二级甲等藏医院。医院建筑面积为４477.16平方米。现有职工35人，其中卫生技术人员22人，卫生技术人员中医生8人、护理8人、药剂6人、行政后勤人员5人。科室设有门诊部、住院部、药浴科、药剂科等业务科室和院办公室、医务科、护理部、总务科等职能科室。开设病床40张，年门诊工作量19700多人次，住院240多人次。医院先后开展了藏医药浴专科、针灸专科、消化内科等特色专科，在治疗风湿、类风湿性关节炎、皮肤病以及胃肠疑难杂症等方面的诊治过程中取得了显著的疗效。同时还开设了藏医制剂室，不仅保障了医院的藏药供给，而且向全州藏医提供了藏药产品，另外我院藏药制剂“六味藏红花丸”在省内乃至全国处于领先地位，使我院的藏医药工作逐步走上了新台阶。医院先后购置了光机、B超仪、生化分析仪等诊断设备和药物粉碎机、筛选机、漩振筛、混合机等制剂设备，院内的基本硬件设施得到了落实。