该军前身是邓锡侯所属川军一部。1926年秋，国民革命军北伐进抵武昌时，川军各部相继易帜改称为“国民革命军”，邓锡侯部被改编为国民革命军第28军。1934年，第28军改番号为第45军。

1937年9月，抗日战争全面爆发后第45军奉命出川抗日。1938年4月，国民政府为加强后方守备力量，以第45军第126师、独立第19旅、第376旅合编的新编第9师和独立第16旅扩编的新编第17师合编组成第95军，黄隐任军长，刁世杰任副军长。下辖：第126师，谢无圻任师长；新编第9师，杨晒轩任师长；新编第17师，刘树成任师长。该军组成后隶属川康绥靖公署，驻防四川成都、彭县和绵竹一带，担任后方守备任务。1940年初，该军新编第9师、新编第17师改隶属川康绥靖公署直辖。此时，该军仅辖第126师。同年底，新编第9师归还第95军建制。

1946年5月，国民党军进行整编时，该军改编为第39军。不久，第39军改编为整编第39师，黄隐任师长。原辖第126师改编为整编第126旅，谢无圻任旅长；原新编第9师改编为新编第9旅，杨晒轩任旅长。此次整编后，该整编师分别驻防成都、通江、南江等地，担任后方守备任务。1947年，新编第9旅改称整编第107旅，仍归整编第39师建制。1948年9月，整编第39师恢复第95军番号，黄隐改任军长。原整编第107旅、整编第126旅恢复原师的番号。1949年，国民党军队进行编制调整时，第107师被裁减，兵员打部补入第225师。同时，第225师划归第95军建制。此时，黄隐任军长，刁世杰、谢无圻任副军长。辖下第126师，谢无圻兼任师长；第225师，于戒需任师长。同年11月，该军奉命参加西难战役，担任成都地区的防御。12月9日，该军在国民党西康省政府主席兼绥靖公署主任刘文辉、国民党西南军政长官公署副长官邓锡候、潘文华等人率领下通电起义，接受人民解放军的和平改编。