国家生化工程技术研究中心（深圳）组建于1998年。为促进生物技术领域实验室成果的产业化和商品化，深圳市政府于1998年与国家生化工程技术研究中心合作，在深圳成立了“深圳国家生化工程技术开发中心”。以深圳国家生化工程技术开发中心为依托。

1998年5月，国家科技部批准组建 “国家生化工程技术研究中心（深圳）”。

2000年11月30日，通过国家科技部验收，由科技部（国科发计字[2000]532号文）批准该中心正式挂牌为国家级工程中心，成为“国家生化工程技术研究中心”全国四个分中心之一。

2006年，深圳市政府根据事业单位机构改革和深圳大学的发展需要，将“国家生化工程技术研究中心（深圳）”整体成建制并入深圳大学，由此成为深圳大学一个独立的专业研究所，紧密围绕学校的教学和科研任务开展工作。

深圳国家生化工程技术开发中心地处深圳市高新技术工业园南区W2栋A2楼， 办公和实验室共占面积1800平方米，其中包括总面积约650平方米GMP标准装修的中试车间，和约500平方米的普通研究实验室、200平方米质控、测试分析实验室、基因工程实验室、基因抗体实验室，共装备了国内、外先进实用的仪器设备2000多万元，业务范围涉及基因克隆、分析、表达构建、微生物发酵、动物细胞及病毒培养，产物分离纯化以及医用诊断试剂的开发等。

经过多年的建设，生化中心建立了一支勇于创新、经验丰富的科研开发队伍，可完成各种基因工程药物、诊断试剂的临床前研发工作。现有博士学历2人，硕士学历10人，科技人员占全体人员的80%以上。深圳大学阮双琛副校长兼任生化中心主任。

生化中心的研发领域包括基因重组药物、重组抗原和单克隆抗体产品以及基因分析和免疫学分析等临床诊断产品。目前生化中心已建成完整的生物技术药物转化、开发系统，包括基因重组——中试培养、分离纯化——检定——动物试验和人用临床研究，已成为包括基因工程（源头）——中试开发（转化）——药物新剂型（商品化）三个领域的功能完善的国家级中心，以满足生物技术工程化基础性、示范性和综合性研究的需要。