广东省废物管理中心于1996年4月15日，经广东省机构编制委员会办公室批准成立为正处级自收自支事业单位（粤机编〔1996〕73号）。2008年1月10日，广东省机构编制委员会办公室批复中心为行政类事业单位，核定事业编制12名，其中主任1名，副主任1名，人员经费由省财政核拨（粤机编办〔2008〕60号）。根据省编办批复的新职能及省环保厅对中心的要求，将中心内设机构调整为综合管理科、管理一科和管理二科共三个科室，主要任务是：参与拟订固体废物污染防治的法规、规章、管理制度和技术标准；负责危险废物和严控废物经营许可证发放、固体废物进口的专业技术审核和跟踪管理工作；负责固体废物跨省转移跟踪管理工作；负责新化学物质和有毒化学品生产、进口的登记工作；负责危险废物（处置）经营单位及其设施运行的日常监督检查工作；协助处置突发性危险废物污染事故；指导市、县固体废物管理工作。