广东公立医科大学的前身是广东公立医学堂，创立于1909年，由外国人医生达保罗和华人西医生钟宰荃共同筹办。校址初设在西关，后迁往南堤，再后迁往百子路（现中山医学院院址）。由私人筹款，公费补助办校。

1915年奉准立案，并改为公立，改校名为广东公立医科专门学校，学制四年毕业。1917年，将学制延长为五年。1925年，改办为广东公立医科大学，将学制改为六年。校长李树芬。

本校虽属公款办理，但由于创校时是与外国人合办，在办学方针上，很受外国人的影响，校内所推行的是洋化和奴化教育，因而引起进步师生的不满。1925年10月，学生会在柯辉萼（柯麟）等二十多个共产主义青年团员的发动下，团结全校员生起来斗争，要求收回教育权。斗争得到胜利。

1926年8月，合并于广东大学，设为医学院。