广巴指挥部和广巴公司实行两块牌子一班人马的管理模式。广巴指挥部于2005年6月经四川省交通厅党组批准成立，主要负责广巴高速公路工程建设与管理工作。指挥部内设办公室、财务处、工程处、技术处、综合处、安办，下设成都办事处和广元业主代表处。

广巴公司于2006年3月经四川省工商管理局登记注册，由四川高速公路建设开发总公司、广元市正达路桥投资有限公司、巴中市茂源投资有限责任公司共同发起组建，注册资金1亿元人民币。