根肿菌（Plasmodiophoromycetes）介于粘菌和真菌之间的一类低等生物。在真菌、藻类及高等植物上寄生，当寄生在高等植物的地下部分时，被侵害部分膨大成肿瘤。根肿菌的生活史与粘菌相类似，也有发达的多核原生质团，但它是严格的细胞内寄生菌，也不形成有结构的子实体，有些特征象真菌，所以通常又把它看作是一类低等真菌。芸苔根肿菌引起十字花科植物的根肿病，马铃薯粉痂菌是马铃薯粉痂病的病原体，它们可造成农作物的减产。