高崎港区位于厦门内港的北部东端，集美海堤西侧，古代就是来往内陆的重要渡口。港区纵深65～100米，东临鹰厦铁路和高崎镇，东北是高集海堤，东南是丘陵坡地。

1967年3月始建高崎码头，由省交通厅设计院设计，1970年9月竣工。工程包括：码头岸线总长530米，其中直立岸壁180米，砌石斜坡350米，码头堆场3.23万平方米,港区道路长300米,宽7米，用条石铺砌；港区航道全长500米,最小底宽25米,边坡1∶6，设计航道内港底标高2.70米,航道进出口处标高2.00米；装卸平台(主要是装煤)3座,间距20米；铁路专用线由高崎站接出,全长750米,路肩4.2米。

1981年，福建省建委和交通厅批准高崎中转港区扩建工程计划任务书，厦门港务管理局成立高崎港区建设指挥部，并投入部分资金开展“三通一平”的前期工程。1982年委托冶金部长沙设计研究院进行设计，码头结构采用封闭式(用闸门启闭)港池码头。设计通过能力从原有的30万吨提高到70万吨，其中，300～500吨级泊泣6个，200吨级以下泊位13个，总投资900.94万元。

1986年3月，高崎港区码头扩建工程正式开工。首期工程4个200吨级泊位，码头长158米，由交通部三航局公司中标承建。1988年9月竣工。

从1988年起，厦门石油总公司在高崎港区南侧建设鹭甬石油码头。该码头有3000吨级泊位1个，高桩梁板结构，年设计吞吐能力5万吨，总投资约3000万元。同年，福建省交通厅批准高崎港区续建工程计划，工程规模为200吨级杂货码头泊位4个，码头结构为顺岸式低桩承台；1000吨级杂货码头泊位2个，结构为桩基框架引桥式。总投资1200万元，其中，国家补助400万元，省补助400万元,厦门市投资400万元，于1992年底建成，设计年吞吐能力40万吨。至此，高崎港区共有大小泊位29个。