洪武八年(1375年)设。公署在福州城都指挥使司东南。设指挥使(正三品)1人、指挥同知(从三品)2人、指挥佥事(正四品)4人。卫有令吏2人、典吏5人。其属镇抚司有镇抚(从五品)2人，司吏1人；经历司有经历(从七品)、知事(正八品)、吏目(从九品)、仓大使、副使各1人。辖左、右、中、前、后、中左6个千户所，俱在卫内，列于卫署两廊前之东西。各千户所有正千户(正五品)1人、副千户(从五品)2人、镇抚(从六品)2人，其属吏目1人。每千户所辖10个百户所，共有百户(正六品)10人、总旗20人、小旗100人。另有盛储军器库设于侯官县右英达坊内，成造军火器局在闽县南津坊内。屯田新旧共39所(6个千户所各5所，新屯9所)，共有田地497顷38亩8分，分布于侯官、闽清、永福(今永泰)及泉州府永春县(新屯)境内。原有(指洪武二十年周德兴置沿海军卫时，下同)旗军6720人，明万历四十八年(1620年)减至4316人(内屯操旗军2553人、种屯军1763人)。